Η Μονάδα Α είναι υπεύθυνη για την κατάρτιση του Συμπληρώματος Προγραμματισμού και τις προσαρμογές του, μετά από συνεργασία με τις αρμόδιες υπηρεσίες και όργανα για τον προγραμματισμό και για την υποβολή του στην Επιτροπή Παρακολούθησης Ε.Π. "ΚτΠ".
Η Μονάδα Β είναι υπεύθυνη για τις διαδικασίες που αφορούν την υλοποίηση των έργων του Ε.Π. "ΚτΠ".
Η Μονάδα Γ είναι υπεύθυνη για τον έλεγχο των Τελικών Δικαιούχων (ΤΔ) και των Έργων, που χρηματοδοτούνται από το E.Π. "ΚτΠ" με επιτόπιους τακτικούς και έκτακτους ελέγχους.
Η Μονάδα Δ είναι υπεύθυνη για την κατάρτιση του προγράμματος ενεργειών Τεχνικής Βοήθειας - στήριξης και υποστηρίζει το έργο της Διαχειριστικής Αρχής στην εκτέλεση των ενεργειών αυτών μετά την έγκρισή τους.