Για την υλοποίηση του Ε.Π. "ΚτΠ" ακολουθείται μια σειρά διαδικασιών που ξεκινά από τον προγραμματισμό, για να καταλήξει στον έλεγχο των έργων που έχουν ενταχθεί σε αυτό. Στο βασικό κείμενο του Ε.Π. "ΚτΠ" περιλαμβάνονται οι βασικοί άξονες προτεραιότητας του Προγράμματος και εξειδικεύονται στο «Συμπλήρωμα Προγραμματισμού», το οποίο περιλαμβάνει αναθεωρήσεις και προσθήκες προσαρμοσμένες στις ανάγκες και τις απαιτήσεις του σήμερα.

Για να ολοκληρωθεί έγκαιρα και με επιτυχία το Ε.Π., αξιοποιούνται μια σειρά εργαλείων, όπως π.χ. ο ανάστροφος προγραμματισμός, οι προβλέψεις δαπανών κλπ., ενώ η υλοποίηση ξεκινά από την επιλογή των έργων που θα ενταχθούν στο Ε.Π. μέχρι την χρηματοδότηση και τον έλεγχο της πορείας τους.

Η Διαχειριστική Αρχή του Ε.Π. έχει την ευθύνη για την επιλογή ή την απόρριψη ένταξης μιας Πράξης (έργου) και γενικότερα περιλαμβάνει τα ακόλουθα στάδια: πρόσκληση σε δυνητικούς τελικούς δικαιούχους για την υποβολή των προτάσεών τους, αξιολόγηση των προτάσεων και έκδοση απόφασης ένταξης στο πρόγραμμα.

Η χρηματοδότηση των έργων γίνεται από τα Διαρθρωτικά Ταμεία της Ε.Ε., όπως είναι το Ευρωπαϊκό Κοινωνικό Ταμείο (ΕΚΤ) και το Ευρωπαϊκό Ταμείο Περιφερειακής Ανάπτυξης (ΕΤΠΑ), ενώ οι δημόσιοι πόροι εξασφαλίζονται από το Πρόγραμμα Δημοσίων Επενδύσεων (ΠΔΕ).

Οι διαδικασίες ελέγχου (επιτόπιες, προληπτικές κλπ) πραγματοποιούνται ώστε να διασφαλίζεται ότι τα χρήματα που έχουν διατεθεί για την υλοποίηση των Πράξεων αξιοποιούνται με τον ταχύτερο και καλύτερο δυνατό τρόπο. Στις περιπτώσεις όπου κατά τον έλεγχο διαπιστωθούν παραβάσεις, επιβάλλονται διαδικασίες δημοσιονομικής διόρθωσης, ακόμη και απεντάξεις έργων.

Τέλος, ένα εξίσου σημαντικό στάδιο για την επιτυχημένη ολοκλήρωση του Επιχειρησιακού Προγράμματος, είναι και το Σχέδιο Δράσης για τη Δημοσιότητα.

Αυτό προβλέπει, μεταξύ άλλων, την ενημέρωση των δυνητικών τελικών δικαιούχων και τελικών αποδεκτών, τη γνωστοποίηση του Προγράμματος και την ενημέρωση για τους τομείς δράσης του, τη δημιουργία θετικού κλίματος για την αποδοχή και την υποστήριξή του, την ενημέρωση και ευαισθητοποίηση των υπηρεσιών του Δημοσίου και των εποπτευόμενων  φορέων, καθώς και τη δημιουργία μηνυμάτων που θα χρησιμοποιηθούν για τη μεγιστοποίηση της αποτελεσματικότητας της επικοινωνιακής στρατηγικής του Προγράμματος.